Presque classiquement, pourrait-on dire, le film prend la forme épique du voyage initiatique. En réalité deux voyages initiatiques se superposent. Celui de Némo, tout d'abord, qui débute dès la séance de découverte avec l'instituteur et la découverte de la "grande muraille" avec ses camarades. Il va ensuite principalement se dérouler au sein de la communauté formée dans l'aquarium. Némo pourra y apprendre les valeurs que l'on retrouve habituellement chez Disney : le courage, la persévérance, l'amitié, la solidarité, l'esprit de groupe et le travail en équipe. Dans cet espace confiné, un lien fort existe entre les membres de la communauté, renforcée autour de rituels à caractère sacré. Il est rare en effet que la notion de foi ou en tout cas de sacré et de religieux n'apparaisse pas dans les films impliquant Disney. Un autre lien fort va unir Némo à Gill, le leader du groupe : tous les deux ont en commun leur vie passé dans l'océan et un goût prononcé pour la liberté. Gill explique ainsi à son protégé son mépris pour le très drôle "bubulle", un poisson domestiqué, dépourvu de libre-arbitre et conditionné à réagir à un artifice conçu par les hommes (le coffre qui fait des bulles).

Le voyage initiatique de Marin s'avère être plus complexe. Les aventures de Némo semblent presque secondaires en regard de l'histoire de son père. Le monde de Némo possède en effet un aspect plus sombre, plus adulte et plus original qu'un Walt Disney pure souche. En témoigne la scène d'ouverture où l'on voit les deux poisson-clown se féliciter de leur nouvelle acquisition, une anémone de mer, à la manière d'un couple, faisant partie de la classe moyenne, qui aurait réussi à acheter un beau pavillon de banlieue dans un marché de l'immobilier en forte croissance et concurrentiel. De même , le relation évolutive entre Marin et Dory est intéressante, passant par plusieurs stades : le quiproquo de la rencontre, l'agacement puis le resserrement des liens jusqu'à des sentiments intenses . A noter la très belle déclaration de Dory qui se termine par ces mots : " et si tu t'en vas… et si tu t'en vas… je t'assure… que je me rappelle mieux les choses avec toi "

De nombreux autres passages démontrent que Pixar a pris pour habitude de développer ses films sur plusieurs niveaux de compréhension. Cela est notamment utilisé de le traitement de l'humour. Certains passages ne pourront en effet être complètement savouré par les enfants, comme la scène parodique des alcooliques anonymes. L'humour du film est assez fin et parfois assez noir, non exempt d'une certaine cruauté, qui est une des marques de fabrique de Pixar